Homo sapiens Gene: KHSRP | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-21386.6 | ||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | KHSRP | ||||||||||||||||||||||||
Gene Name | KH-type splicing regulatory protein | ||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FBP2; FUBP2; KSRP | ||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000088247 | ||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
KH-type splicing regulatory protein
KH-type splicing regulatory protein
|
||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
KHSRP directly interacts with AU-rich elements in the 3' UTR of IFN mRNA to negatively regulate the transcript levels. Khsrp deficient mouse embryonic fibroblast produced higher levels of Ifna4 and Ifnb mRNAs in response to viral infections as a result of decreased mRNA decay.
|
||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Mus musculus] Khsrp directly interacts with AU-rich elements in the 3' UTR of Ifn mRNA to negatively regulate the transcript levels. Khsrp deficient mouse embryonic fibroblast produced higher levels of Ifna4 and Ifnb mRNAs in response to viral infections as a result of decreased mRNA decay.
|
||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
The KHSRP gene encodes a multifunctional RNA-binding protein implicated in a variety of cellular processes, including transcription, alternative pre-mRNA splicing, and mRNA localization (Min et al., 1997 [PubMed 9136930]; Gherzi et al., 2004 [PubMed 15175153]).[supplied by OMIM, Apr 2010] |
||||||||||||||||||||||||
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 19:6413348-6424794 | ||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||
Band | p13.3 | ||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 86 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 3 interaction(s) predicted by orthology.
|
||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||||
Orthologs | |||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
|
Gene ID
Gene Order
Not yet available
|
||||||||||||||||||||||||
Pathways | |||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
KSRP destabilizes mRNA pathway
ATF4 activates genes pathway
PERK regulates gene expression pathway
Unfolded Protein Response (UPR) pathway
Metabolism of proteins pathway
Regulation of mRNA stability by proteins that bind AU-rich elements pathway
Gene Expression pathway
|
||||||||||||||||||||||||
KEGG | |||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.727344 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_003685 | ||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS45936 | ||||||||||||||||||||||||
HPRD | 10350 | ||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||