Mus musculus Gene: Smarcb1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-164041.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Smarcb1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AU020204; Baf47; Ini1; Snf5; SNF5/INI1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000000902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000099956:
The protein encoded by this gene is part of a complex that relieves repressive chromatin structures, allowing the transcriptional machinery to access its targets more effectively. The encoded nuclear protein may also bind to and enhance the DNA joining activity of HIV-1 integrase. This gene has been found to be a tumor suppressor, and mutations in it have been associated with malignant rhabdoid tumors. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 10:75896769-75921617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 30 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 127 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Chromatin organization pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TNFalpha pathway
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REACTOME |
Chromatin organization pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
Chromatin organization pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
Regulation of retinoblastoma protein
Validated nuclear estrogen receptor beta network
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.279751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001161853 NM_011418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS23936 CCDS48602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||